L’édifice associe l'architecture islamique à des éléments marocains qui reflètent la grandeur du savoir-faire artisanal, tout en offrant un design qui s’intègre harmonieusement dans l’espace urbain. Il présente des similitudes avec des éléments que l'on retrouve dans d'autres bâtiments marocains.

La salle de prière de la mosquée est une réplique de la Médersa des Mérinides, et sa haute flèche est une copie de la majestueuse tour Hassan et du minaret Koutoubia. Le toit vert est une reproduction de l'université Qarawiyyin de Fès. À l'intérieur, la mosquée Hassan II présente des embellissements qui utilisent des arabesques et des constructions polygonales et des ornements géométriques et floraux ou calligraphiques réalisés en stuc, en zellige, en bois peint et en bois sculpté.

A l’image de la richesse patrimoniale du Maroc, la Mosquée Hassan II est construite à partir de matériaux provenant de tout le pays. Elle intègre entre autres, le marbre d'Agadir, le cèdre du Moyen Atlas et le granit de Tafraoute. Les seuls éléments importés sont le verre de Venise utilisé pour les lustres et le granit blanc ayant servi pour les colonnes.

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